中國科學院上海生命科學研究院(簡稱上海生科院)成立于1999年7月3日，由中國科學院原上海生物化學研究所、上海細胞生物學研究所、上海生理研究所、上海腦研究所、上海藥物研究所、上海植物生理研究所、上海昆蟲研究所和上海生物工程研究中心等8個生命科學研究機構經過結構調整、體制創新組建而成，中國科學院國家基因研究中心、上海生命科學研究中心、上海實驗動物中心、上海文獻情報中心等也先后整建制并入。
“十五”期間，先后共建或新建了上海生科院/上海交通大學醫學院健康科學研究所、營養科學研究所、上海巴斯德研究所、中國科學院—馬普學會計算生物學伙伴研究所。
上海生科院共有生物化學與細胞生物學研究所、神經科學研究所、上海藥物研究所、植物生理生態研究所、健康科學研究所、營養科學研究所、上海巴斯德研究所、計算生物學研究所、上海植物逆境生物學研究中心、中科院-二軍大轉化醫學研究院等10個研究機構（上海藥物研究所和上海巴斯德研究所為獨立法人研究單元），生命科學信息中心、上海實驗動物中心等2個支撐單元，中國科學院上海辰山植物科學研究中心、中國科學院上海臨床研究中心、上海工業生物技術研發中心、上海生物醫學工程研究中心、中國科學院湖州應用技術研究和產業化中心等5個院地合作共建機構。
上海生科院在圓滿完成“十二五”收官任務的同時，現正全面推進“十三五”期間“一三五”規劃工作，圍繞分子細胞、腦科學、分子植物、人口健康及藥物五大重點領域，深入實施研究所分類改革，明確科研重點方向，著力提升科技創新能力，繼續構筑創新人才高地，努力優化支撐保障條件，加強管理服務，強化統籌協調，促進各項事業全面發展。
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上海生科院共有生物化學與細胞生物學研究所、神經科學研究所、上海藥物研究所、植物生理生態研究所、健康科學研究所、營養科學研究所、上海巴斯德研究所、計算生物學研究所、上海植物逆境生物學研究中心、中科院-二軍大轉化醫學研究院等10個研究機構（上海藥物研究所和上海巴斯德研究所為獨立法人研究單元），生命科學信息中心、上海實驗動物中心等2個支撐單元，中國科學院上海辰山植物科學研究中心、中國科學院上海臨床研究中心、上海工業生物技術研發中心、上海生物醫學工程研究中心、中國科學院湖州應用技術研究和產業化中心等5個院地合作共建機構。
上海生科院在圓滿完成“十二五”收官任務的同時，現正全面推進“十三五”期間“一三五”規劃工作，圍繞分子細胞、腦科學、分子植物、人口健康及藥物五大重點領域，深入實施研究所分類改革，明確科研重點方向，著力提升科技創新能力，繼續構筑創新人才高地，努力優化支撐保障條件，加強管理服務，強化統籌協調，促進各項事業全面發展。
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